Sildenafil wird überwiegend durch die mikrosomalen Leberisoenzyme CYP3A4 (Hauptweg) und CYP2C9 (Nebenweg) abgebaut. Der wichtigste zirkulierende Metabolit entsteht durch N-Demethylierung von viagra am N-Methylpiperazin-Rest. Dieser Metabolit hat ein PDE-Selektivitätsprofil ähnlich dem von Sildenafil und eine In-vitro-Wirksamkeit gegen PDE5, die etwa 50 % der des Ausgangsarzneimittels entspricht. Die Plasmakonzentrationen dieses Metaboliten betragen etwa 40 % derjenigen von Sildenafil. Der N-Desmethyl-Metabolit wird weiter metabolisiert und hat eine terminale Halbwertszeit von etwa 4 Stunden.